（1）受卫星状况限制。在高山峡谷深处及密集森林区，城市高楼密布区，卫星信号被遮挡的时间较长，使得可作业时间受到限制。产生假值问题采用RTK测量成果的质量控制方法可以发现作业时间受限制可由选择作业时间来解决。
（2）天空环境影响。白天中午，受电离层干扰大，公用卫星数少，因而初始化时间长甚至不能初始化，也就无法进行测量。
（3）数据链传输受干扰和限制、作业半径比标称距离小的问题。RTK数据链传输易受到障碍物如高大山体、高大建筑物和各种高频信号源的干扰，在传输过程中衰减严重，严重影响外业精度和作业半径。
（4）初始化能力和所需时间问题。在山区、一般林区、城镇密楼区等地作业时，GNSS卫星信号被遮挡机会较多，容易造成失锁，采用RTK作业时需要经常重新初始化。这样测量的精度和效率都受影响。
（5）高程异常问题。RTK作业模式要求高程的转换必须精确，但我国的高程异常图在有些地区，尤其是山区，存在较大误差，在有些地区还是空白，这就使得将GNSS大地高程转换至海拔高程的工作变得相当困难，精度也不均匀。
（6）精度和稳定性问题。RTK测量的精度和稳定性都不及全站仪，特别是稳定性方面，这是由于RTK较容易受卫星状况、天气状况、数据链传输状况影响的缘故。不同质量的RTK系统，其精度和稳定相差别较大。
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